Phylogénie des agrumes 🍋

La phylogénie est l'étude des relations évolutives entre les organismes vivants. Elle permet de comprendre comment les différentes espèces sont apparentées les unes aux autres et comment elles ont évolué au cours du temps. Pour représenter ces relations, les biologistes utilisent des arbres phylogénétiques qui montrent les différentes branches de l'arbre de vie. Chaque branche de l'arbre représente une espèce ou un groupe d'espèces qui ont des ancêtres communs.
Dans le cas des agrumes, la phylogénie permet de comprendre les relations évolutives entre les différentes espèces cultivées d'agrumes.

Les taxons de base

Selon les études les plus récentes, il est démontré que les quatre espèces ancestrales (C. reticulata, C. maxima, C. medica et C. micrantha) sont les ancêtres communs de toutes les espèces cultivées d'agrumes.

Citrus micrantha (parfois Micrantha)

C'est une espèce d'agrumes sauvages originaire du sud des Philippines, appartenant au groupe Papeda. Deux variétés au moins sont connues :

• biasong papeda à petites fleurs (C. micrantha var. micrantha)
• samuyao, papeda à petits fruits (C. micrantha var. microcarpa)

On considère actuellement que Micrantha ferait partie de Citrus hystrix, mais les données génomiques sur ce dernier sont encore insuffisantes pour tirer des conclusions définitives.

Citrus medica L., le cédratier

C'est une espèce d’arbres de la famille des Rutacées, dont le fruit, nommé cédrat, est utilisé pour son écorce aromatique. Les cédratiers (Citrus medica L) sont peu à peu apparus dans la zone correspondant aujourd'hui au Nord-Est de l'Inde. La main de Bouddha (Citrus medica var. sarcodactylis) est une variété asiatique de cédrats. Les cédratiers sont mono embryonnés.

Citrus maxima, le pamplemoussier

C'est une espèce d’arbres fruitiers de la famille des Rutacées. Il est originaire d'Asie du Sud-Est où il est connu depuis plus de quatre mille ans et cultivé pour son fruit. Les fruits du pamplemoussier (C. maxima) sont des agrumes de grandes tailles pouvant peser jusqu’à 8 kg.

Comme les cédratiers et quelques variétés de mandariniers, les pamplemoussiers (Citrus maxima) sont mono embryonnés.

Citrus reticulata, le mandarinier

C'est une espèce d’arbres de la famille des Rutacées produisant des agrumes nommés mandarines. Les mandariniers (C. reticulata) seraient originaires de la Chine et leur nom proviendrait de la couleur des robes des mandarins. Il faudra attendre le début du XIXe siècle pour sa culture en Europe.

L’évolution des espèces des agrumes

Ces quatre espèces ancestrales, Citrus maxima (les pamplemoussiers), Citrus reticulata (les mandariniers), Citrus medica (les cédratiers) et Citrus micrantha ont tout d’abord évolué séparément dans des zones géographiques distinctes et ont acquis des caractéristiques spécifiques en réponse aux contraintes environnementales de ces zones (Citrus maxima dans l’archipel Malaisien, Citrus reticulata le sud de la Chine, Citrus medica le nord-est de l’Inde, Citrus micrantha le sud Philippines).

Avec le développement des découvertes de nouveaux continents et les échanges commerciaux entre différents pays, les espèces d'agrumes ont été introduites dans des zones géographiques différentes de celles où elles ont évolué. Cela a conduit à des rencontres entre des espèces qui n'auraient pas été en contact dans la nature, ce qui a favorisé de nouveaux croisements interspécifiques. Ces croisements ont permis de créer de nouvelles espèces et de nouvelles variétés d'agrumes avec des caractéristiques uniques : les espèces dites secondaires.

Les espèces dites secondaires

Les croisements ont contribué à augmenter la diversité des agrumes. Ils ont donné naissance, par hybridations interspécifiques naturelles, à la plupart des variétés cultivées d'agrumes, comme les orangers, les pomelos, les citronniers et les limettiers.

Les hybridations interspécifiques naturelles sont des croisements entre des individus appartenant à des espèces différentes. Ces croisements peuvent subvenir de manière naturelle lorsque des individus d'espèces différentes se croisent dans la nature, sans intervention humaine. Cela peut se produire lorsque les espèces se trouvent dans des zones géographiques proches les unes des autres et ont des périodes de floraison et de fructification similaires. Les hybrides ainsi produits peuvent être féconds ou infertiles, et peuvent présenter une combinaison de caractéristiques de leurs parents.

Voici les espèces dites secondaires :

Citrus sinensis

L’oranger est une espèce d'arbuste fruitier de la famille des Rutacées, cultivé dans les régions chaudes, comme les pays méditerranéens. Il produit des fruits sucrés appelés oranges. Il est considéré comme l'un des hybrides interspécifiques les plus anciens cultivés aujourd'hui. Il serait apparu il y a plusieurs millénaires.
Il est probablement le résultat d'un croisement entre le pamplemousse et la mandarine, qui sont les deux espèces ancestrales. L'oranger est également connu pour sa capacité à produire des embryons non sexués appelés "nucellaires" dans ses pépins, qui permettent de cloner l'arbre. Cette capacité de multiplication végétative a probablement contribué à sa popularité et à sa propagation dans les cultures d'agrumes.

Citrus aurantium

Le bigaradier, oranger amer ou oranger de Séville est une espèce d’arbres de la famille des Rutacées produisant des agrumes nommés bigarades ou oranges amères. Il serait un hybride entre le pamplemoussier (Citrus maxima) et le mandarinier (Citrus reticulata). Il est cultivé comme plante décorative ou pour des usages alimentaires, pharmaceutiques, cosmétiques.

Citrus paradisi

Le pomelo, est une espèce d'arbuste fruitier de la famille des Rutacées. C'est un hybride entre l'orange douce (Citrus sinensis) et le pamplemousse (Citrus maxima) : Citrus sinensis × Citrus maxima.
C. paradisi est un nom scientifique pour un fruit appelé pomelo. Le pomelo est souvent connu sous le nom vernaculaire de pamplemousse, mais il est en réalité un pomelo. Citrus paradisi a hérité de certaines caractéristiques du pamplemoussier (Citrus maxima), dont la taille importante du fruit et une certaine amertume, cependant la peau est moins épaisse.

Citrus limon

Le citronnier, Citrus × limon, est une espèce de petits arbres fruitiers de la famille des Rutacées, cultivée pour son fruit le citron. Citrus limon est un hybride entre le cédratier (Citrus medica) et le bigaradier (Citrus aurantium).

Citrus aurantifolia

Le limettier mexicain, est un petit arbre de la famille des Rutacées produisant un fruit appelé lime ou citron vert. Il serait un hybride de C. medica (le cédrat) et de C. micrantha.

Hybridation des agrumes

Dans le cas des agrumes, les hybridations interspécifiques naturelles ont joué un rôle important dans l'évolution des espèces cultivées. Les quatre espèces ancestrales (C. reticulata, C. maxima, C. medica et C. micrantha) ont été à l'origine des espèces dites secondaires. Ces croisements ont permis de créer de nouvelles espèces et de nouvelles variétés d'agrumes avec des caractéristiques uniques. Il est important de noter que l’arbre phylogénétique des agrumes est en constante évolution en raison des nouvelles découvertes scientifiques. Le décryptage des structures interspécifiques des génomes des agrumes n’a pas fini de nous révéler ses secrets et ces découvertes pourraient modifier les savoirs actuels.